Depo yönetimi, bilgisayar ve el terminalleri olarak iki ayrı çalışma alanına sahiptir. Planlama, yönetim ve raporlama gibi işlevler bilgisayar tarafında, gerçek stok hareketleri de el terminali arayüzünde yapılmaktadır. WMS, DerinSİS'in alt modüllerinden biri olduğu için, bilgi sisteminin diğer parçalarıyla aynı veritabanında çalışmaktadır. Buna uygun internet altyapısı sağlanarak, tüm işlevler uzak erişim üzerinden çalışır.
Lojistik merkezi olarak kullanılması durumunda hizmet verilen dış şirketlerin ERP sistemleriyle, ya da bağımsız olarak kullanılması durumunda merkezi ERP sistemiyle entegrasyon için web servisleri bulunur. Temelde yeni ürün, yeni müşteri, sipariş bilgileri alınır, yeni irsaliye bilgileri gönderilir. Lojistik çözümü olduğunda, dış ortamlarla bilgi alışverişi için ayrı bir B2B sistemi bulunur. Bu yolla müşteriler, kendileriyle ilgili siparişlerin ve irsaliyelerin durumunu, stok bilgilerini, palet saklama raporlarını ve hakkedişleri raporlayabilmektedir. Ayrıca ön alımlar için sisteme bilgi girip etiketlerini kendileri yazdırabilmektedirler. Muhasebe bölümlerinin yararlanacağı e-mutabakat, ekstre, fatura listeleri gibi başka olanaklar da sunulmaktadır.
Stok hareketlerinin tutulduğu en küçük birim olan depo hücreleri (veya adresler), sırasıyla rafları, blokları, koridorları ve alanları oluşturmaktadır. Temel tanım olarak blok şablonlarından yola çıkarak, saklama ve toplama alanları planlanır. Adresleme yardımcısıyla, bu bloklardan koridorlar oluşturulur. Ürün özelliklerine göre alanlar oluşturularak, birlikte saklanma veya erişim kolaylıklarına göre ürünler ilgili hücrelere yönlendirilir.
Mal kabul ve sevkiyat sırasında aynı üründen veya farklı ürünlerden oluşan paletlerle işlemler gerçekleşmektedir. Bu nedenle palet oluşturma ve paletten çıkarma gibi ek işlemler sunulmaktadır. Tüm hareketler palet bazında yapılarak, fiziksel uygulama nasılsa sistemde de veriler o şekilde kaydedilir.
Koridorlar için kullanılacak harf-sayı seçimi, bunların başlangıç değerleri, sağ ve sol taraf için isimlendirme, her blokta bulunan katların alttan veya yukarıdan numaralandırılması, bütünüyle yöneticinin kontrolünde ve esnek olarak seçilebilmektedir. Karar verilen kod yapısına uygun olarak, tüm hücrelerin etiketleri basılır ve stok hareketlerinde kullanılır.
Mal kabul sonrası ürünlerin nerelere yerleştirileceğine sistem karar vererek yerleştirme emirleri üretilir. Mağazaların depoya siparişleri, sevk emirleri veya satış siparişleri için yine sistem tarafından toplama emirleri üretilir. Ürünlerin toplama alanlarına göre bütünlük oluşturması için, zaman içinde oluşabilen dağınıkların giderilmesi için, yine sistem tarafından depo için besleme emirleri üretilir. Koridor yapılandırması temel alınarak sıralı/U/zigzag gibi senaryolar belirtilebilmektedir. Bu emirler, boştaki terminal ve depo çalışanlarına atanarak süreç başlatılmaktadır.
Ürün bazlı çalışma yöntemi, WMS başlığında ifade edilmektedir. Ürünlerin hiç tanınmadan yalnızca koli-kutu taşımacılığı yapılması durumunda, sürece Cross-Dock denilmektedir. DerinSİS Depo Yönetim Sistemi'nin fark yaratan bir özelliği de, depo yönetim süreçlerinin hemen arkasından bütünleşik olarak Cross-Dock süreçleri başlamaktadır. Böylece toplanan ürünlerin kutulanarak desi-ağırlık bilgilerinin otomatik oluşturulması sağlanmaktadır. Dahili bir modül olarak kullanılması durumunda verimliliği sağlamakla birlikte, lojistik çözümü olarak kullanıldığnda özellikle müşteriler için verilen hizmetlerin ölçülebilir olması kotarılmaktadır. Burada taşınan yükün birebir ölçümlenmesi de yapılabilmektedir, hazır taşıma kutu-koli araçlarıyla otomatik hesaplamalar da yapılabilmektedir. Müşteri lojistik sözleşmeleri ve ATF bütünlüğü çerçevesinde ölçülmüş paketlerin; uygun güzergahlara yönlenmesi, araç-sürücü planlamalarının tamamlanması, irsaliyelerin yazdırılması, sevkiyatların gerçekleşmesi ve son olarak gerçek teslim bilgilerinin toplanması gerçekleştirilmektedir.
Yukarıda geçen tüm işlemler için tutulan kayıtlar, depo denetimi ve verimliliği arttırmak üzere tasarlanmış raporlarla yönetilmektedir.
İthal ürünlerde gerekli olan Türkçeleştirilmiş etiketlerin sistemde kaydedilmesi, basılması, depoda yapısal olarak saklanması ve sevkiyat öncesi etiketlenmiş olma kontrolü gibi tüm etiketleme süreçleri, Depo Yönetim Sistemi içinde yönetilebilmektedir.